Artikel dan Ringkasan Bio Informatika

BIO INFORMATIKA itu apa yaa????

ehm...

Pada ingin tau kan?

 

Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

Untuk lebih jelasnyaa

Silahkan baca definisi berikut : http://pantaihujankereta.blogspot.com/2011/04/bio-informatika.html

Nahh...

Uda pada tau kan apa itu bio informatika..
sekarang saatnya kita menambah makan durian,

Ehh salah.. maksudnya menambah pengetahuan..hehehe

Inii Rhesi ada artikel mengenai Bio Informatika tentang Perikanan Budidaya

yukkkk kita baca di link ini

 
data.aims.gov.au/cads/Panduan_Teknis_CADS_TOOL.pdf
 

Wahh...

Ternyata panjang bnget yaa artikel nya...

supaya lebih memahami..

Yukk kita baca ringkasannya..

CAADS TOOL sebagai Pendukung Budidaya di KJA

CADS_TOOL adalah suatu perangkat untuk membantu dalam pengambilan keputusan untuk pengelolaan KJA yang terdiri atas dua bagian penting yaitu software dan panduan teknis atau manual penggunaan perangkat lunak tersebut..

Pengembangan CADS_TOOL merupakan bagian dari proyek FIS/2003/027, ‘Planning Tools for Environmentally Sustainable Tropical Finfish Cage Culture in Indonesia and Northern Australia”. Perangkat CADS_TOOL ini dibiayai oleh Commonwealth of Australia melalui Australian Centre for International Agricultural Research (ACIAR).

Saat ini telah banyak tersedia sistem pendukung keputusan untuk tujuan kegiatan budidaya perairan. Penggunaanya mulai dari seleksi dan penentuan perijinan kawasan budidaya perairan dan manajemen budidaya perairan (Bourke et al., 1993) serta mendukung dalam evaluasi dampak ekonomi (Bolte et al., 2000).

Ada empat modul pendukung dalam paket ini.

Modul klasifikasi lokasi dan seleksi lokasi saling terhubung untuk menilai layak tidaknya suatu lokasi untuk kegiatan budidaya ikan dalam keramba jaring apung. Modul kapasitas tangkar untuk menaksir daya dukung lokasi terdiri atas 4 (empat) model. Modul penilaian ekonomis dimaksudkan untuk penentuan potensi kelayakan ekonomis suatu areal budidaya.

Pada jaman sekarang ini bio informatika sudah banyak membantu dalam proses dunia budidaya perikanan. Biasanya dalam pengukuran parameter kimia dan fisika dalam perairan saja kita masih menggunakan metode tradisional dan membutuhkan waktu yang lama. Namun, dengan menggunakan bio informatika, kita dapat menemukan sebuah cara baru yang lebih efisien untuk digunakan di bidang budidaya perikanan.

Berikut contoh pengukuran modern :

Kecerahan

Kecerahan air dapat diukur menggunakan cakram secchi. Kecerahan air merupakan suatu indikasi kehadiran suspensi padatan maupun adanya biomassa alga di dalam kolom air (Gavine & McKinnon, 2002). Cakram ini diikat dengan tali yang telah diberi skala kedap air diturunkan perlahan-lahan ke air hingga cakram tersebut tidak terlihat. Observer kemudian mencatat kedalaman air yang ditunjukkan oleh skala pada tali sebagai kecerahan perairan.

Kesimpulan :

Dari pembahan di atas, bio informatika sangat berperan penting dan membantu dunia perikanan budidaya dengan lebih cepat, efisien dan tepat.

Sekarang kita bisa nambah pengetahuan kan..

Hehhhe

Mkasi udaa baca tulisan rhesi..

SEE YOU NEXT TIME !!!!

 

Pengertian NCBI (National Center Of Bioteknology Information

Peran database NCBI bisa mendukung penelitian

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

1. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

2. Mencari referensi penelitian melalui NCBI
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed. 

Artikel Ilmiah yang menggunakan NCBI

WASHINGTON, KOMPAS.com –

Astronom menemukan 69 galaksi kerdil hiperaktif dengan teleskop antariksa Hubble. Galaksi-galaksi itu berjarak sekitar 9 miliar tahun cahaya dari Bumi. Galaksi tersebut membentuk bintang dengan sangat cepat sehingga populasi bintangnya akan menjadi 2 kali lipat dalam 10 juta tahun. Sebagai perbandingan, Bimasakti butuh waktu 1.000 kali lebih lama.

Tim astronom dengan Harry Ferguson dari Space Telescope Science Institute (STScI) sebagai co-author dalam penelitian menemukan galaksi kerdil tersebut lewat proyek Cosmic Assembly Near-earth Deep Extragalactic Legacy-Survey (CANDELS). Penemuan galaksi kerdil itu sangat mengejutkan. Pasalnya, selama ini diyakini bahwa pembentukan bintang berlangsung lambat dan memakan waktu lama.

"Penemuan CANDELS yang menunjukkan adanya galaksi-galaksi yang ukurannya hampir sama membentuk bintang dengan sangat cepat pada masa awal semesta memacu kita untuk mengevaluasi sekali lagi apa yang kita pikir sudah kita ketahui tentang evolusi galaksi kerdil," kata Ferguson seperti dikutip Space.com, Sabtu (12/11/2011).

Galaksi-galaksi yang ditemukan memiliki ukuran 100 kali lebih kecil dari Bimasakti. Galaksi kerdil sebenarnya umum di alam semesta dan astronom percaya bahwa pembentukan bintang yang cepat adalah salah satu hal penting dalam evolusinya. Astronom berharap bisa mempelajari lebih lanjut tentang gelaksi-galaksi kerdil itu.

Hingga kini, sebab pembentukan bintang yang cepat di galaksi itu masih misteri. Simulasi komputer yang dibuat bahwa pembentukan di galaksi kerdil berlangsung dalam beberapa episode. Pertama, ada gas yang mendingin dan collaps membentuk bintang. Beberapa bintang meledak menghasilkan panas dan gas, namun akhirnya gas mendingin lagi dan membentuk bintang.

Arjen van der Wel dari Max Planck Institute for Astronomy di Heidelberg Jerman, pimpinan proyek CANDELS, mengungkapkan, "meski prediksi teoritis itu bisa jadi petunjuk pembentukan bintang di galaksi ini, ledakan yang terjadi lebih intens dari yang direproduksi oleh simulasi."

Ferguson mengatakan, teleskop antariksa James Webb yang akan diluncurkan 2018 nanti mungkin bisa menjawab misteri itu. Hasil penelitian ini akan dipublikasikan di Astrophysical Journal yang akan terbit dalam waktu dekat.

Sumber :

SPACE.COM

Share32

Ancaman Kepunahan Negara Kepulauan 

Kompas/Danu Kusworo Salah satu pulau di gugusan Kepulauan Seribu, Jakarta Utara.

KOMPAS.com –

Negara kepulauan terancam musnah akibat pemanasan global karena efek gas rumah kaca. Demikian Ketua Dewan Nasional Perubahan Iklim Rachmat Witoelar menegaskan ancaman yang harus diwaspadai bersama.

"Negara-negara kepulauan akan celaka total, atau habis jika emisi gas karbondioksida atau gas rumah kaca tidak dikendalikan dalam waktu yang lebih cepat," katanya usai mengikuti konferensi ke-10 'Asia Pacific Roundtable for Sustainable Consumption and Production (APRSCP)' di Yogyakarta, Kamis.

Ia mengatakan perubahan iklim yang berlangsung cepat mengancam keberadaan negara-negara kepulauan kecil yang tergabung dalam Alliance of Small Island States (AOSIS). "Maladewa yang hanya memiliki sekitar 200 pulau, jika perubahan iklim akibat emisi gas rumah kaca berlangsung cepat, maka negara itu akan celaka," katanya.

Menurut dia, emisi gas rumah kaca yang berlangsung cepat menimbulkan kerusakan di bumi. Ia mengatakan negara-negara maju merupakan penyumbang terbesar emisi gas rumah kaca, karena mereka fokus pada pembangunan industri secara besar-besaran, tanpa memperhatikan keberadaan negara-negara berkembang.

"Industri mobil, dan pesawat terbang negara-negara maju menyebabkan gas emisi rumah kaca sangat banyak, sehingga mereka harus bertanggung jawab memikirkan kondisi negara kepulauan yang semakin kritis. Jika tidak dipikirkan secara bersama-sama, maka dunia akan semakin terpuruk akibat perubahan iklim," katanya.

Ia mengatakan negara-negara maju dalam berbagai kesempatan di berbagai forum internasional cenderung mementingkan perkembangan industrinya. "Mereka masih enggan mengurangi emisi gas rumah kaca yang dihasilkan industri," katanya.

Menurut dia, negara-negara maju belum berkomitmen menurunkan emisi gas rumah kaca sesuai ketentuan Protokol Kyoto atau Konvensi Rangka Kerja PBB tentang Perubahan Iklim (UNFCCC), yakni sebuah persetujuan internasional mengenai pemanasan global. Sesuai konvensi tersebut seluruh negara diharapkan mampu mengurangi emisi rumah kaca sebanyak 25 hingga 40 persen.

Ia mengatakan negara-negara maju yang memiliki pertumbuhan ekonomi yang baik hendaknya lebih memikirkan dampak dari emisi gas rumah kaca. "Negara-negara maju hendaknya melakukan hal-hal yang lebih besar untuk mengurangi pemanasan global," katanya.

Sumber :

ANT 

Kesimpulan

Dari kedua artikel ilmiah diatas, menunjukkan bahwa NCBI berperan untuk kita dapat mengakses berbagai macam bio-informasi. Sehingga dapat diperoleh akses informasi yang mudah, cepat, efisien, mengingat perkembangan kebutuhan manusia yang semakin pesat dari jaman ke jaman.